Jacob Portman cresceu ouvindo as histórias fantásticas que o avô, Abe, contava. Na época da Segunda Guerra Mundial, o avô havia morado numa ilha remota, num casarão que funcionava como abrigo para crianças. Lá, Abe convivera com uma menina que levitava, uma garota que produzia fogo com as mãos, um menino invisível… Entretanto, todas essas histórias foram perdendo o encanto à medida que Jacob crescia. Até que, aos dezesseis anos, tudo volta à tona para se provar real.
Abalado com a morte misteriosa do avô, Jacob decide ir à tal ilha para tentar entender as últimas palavras de Abe: “Encontre a ave. Na fenda.